Se você definiu a timezone de seu servidor Linux como GMT+3 notará que o horário permanece o antigo, não atualizando para o horário de verão.

Exemplo:

Hora atual: 12:35:22

Solução: 
Altere para a Timezone Brazil/East

Em servidores com CPANEL, acesse Server Configuration >> Server Time

Após seleção:

Teste também o MYSQL:

mysql> SELECT NOW();

Se o horário permanecer errado, reinicie o serviço.
Se depois disso continuar errado, verifique suas configurações no /etc/my.conf
Normalmente, sem definições de timezone no /etc/my.conf é o ideal.